Zakrystia, to boczne pomieszczenie przylegające zazwyczaj do prezbiterium i połączone z nim przejściem służące do przechowywania naczyń, szat i innych sprzętów liturgicznych oraz do przygotowania się kapłanów i służby liturgicznej do sprawowania świętych obrzędów. Zakrystia kościoła w Borkach Wielkich znajduje się po prawej stronie prezbiterium i składa się z dwóch głównych pomieszczeń, które są częścią przylegającego do kościoła klasztoru.

Pierwsze pomieszczenie to zakrystia dla ministrantów (7,25x4,10 m). Tu znajduje się również tablica rozdzielcza instalacji elektrycznej kościoła, sterowniki dzwonów i sprzęt nagłośnieniowy. Zakrystia ta nie posiada okna tylko osobne wyjście na ogród klasztorny z pięknie zdobionymi drzwiami. Pierwotnie za drzwiami wyjściowymi znajdował się zadaszony taras ze schodami do ogrodu. Z czasem taras ulegał zniszczeniu i woda przeciekała do pomieszczeń kotłowni. W 1961 roku zdecydowano się na wyremontowanie i przerobienie zniszczonego tarasu na pomieszczenie gospodarcze z drzwiami i oknami. Do obecnego wystroju zakrystii ministrantów należą duże szafy na stroje liturgiczne. Zostały wykonane w 1952 roku przez mistrza stolarskiego Piotra Kuzaja. Według planów projektanta do prezbiterium miało prowadzić dwoje drzwi, ale wykonano tylko jedne. W miejscu drugich powstała zabudowana drzwiami wnęka służąca za schowek gospodarczy. W 2007 roku O. Mieczysław Lenard przerobił niewykorzystywany już schowek na szafę na alby lektorskie. Obok po lewej stronie za stalowymi drzwiczkami znajduje się kominek służący do rozpalania węgla do kadzielnicy. Posadzka wykonana jest z ośmiokątnych i kwadratowych płytek ceramicznych (bok 7 cm) w kolorach białym i czarnym. Dookoła obramowanie z kolorowych płytek kwadratowych.
Drugie pomieszczenie (7,25x7,35 m) przeznaczone dla kapłanów, a także do przechowywania szat i sprzętów liturgicznych posiada 2 okna. W 1912 roku Bracia zakonni wykonali w klasztornej stolarni potężną szafę (wys. 3,10, dł. 7,25, szer. 1,5 m) i ustawili ją na środku. W ten sposób rozdzielono pomieszczenie na dwie części z przejściem przy ścianie. Szafa wykonana jest z drewna sosnowego w stylu gotyckim. Pomalowana jest ciemną bejcą i lakierem. Piękne stalowe okucia, uchwyty i szyldy pomalowano na czarno. W tylnej części w szafkach znalazło się miejsce do przechowywania figur ze stajenki. Z przodu zamontowano duży blat (1,00x3,97 m) do nakrywania szat przed Mszą św. i nabożeństwami. Pod nim stosowne szuflady do przechowywania ornatów i welonów. Nad blatem szafki i szuflady na bieliznę liturgiczną i inne sprzęty. Pośrodku nieco wysunięta szafka z napisem na górze „CALICES” (kielichy) przeznaczona na naczynia liturgiczne. Po obu stronach blatu znajdują się wysokie szafy do wieszania alb i stuł. Przy ścianie od okna we wnęce szafy wkomponowano klęcznik, gdzie kapłan może przygotować się w skupieniu do świętych obrzędów. Uzupełnieniem wyposażenia jest wykonany w tym samym stylu otwarty konfesjonał umieszczony we wnęce ściany naprzeciw okna. Konfesjonał posiada kratkę po jednaj stronie. Nad wnęką konfesjonału znajduje się wyrzeźbiona inskrypcja w języku łacińskim, która jest fragmentem Psalmu: „Misericordias Domimi in aeternum cantabo. Ps. 88.” (Na wieki będę opiewał łaski [miłosierdzie] Pana – według nowej numeracji jest to Psalm 89,2). Do kompletu mebli należy także pulpit, który mieści w sobie szafkę na księgi liturgiczne. Reszta wyposażenia w postaci szaf, szafek, stołu i krzeseł nie należą do kompletu. Posadzkę pokryto kratownicą białych i ciemnobrązowych płytek ceramicznych (15x15cm). W 1952 roku sprowadzono z Wrocławia nową dużą szafę pancerną do przechowywania monstrancji i kielichów. Zamontowano ją we wnęce z tyłu zakrystii. Wystój zakrystii stanowi duży dębowy krzyż z gipsowym korpusem i kilka obrazów olejnych.